当時本能寺には「御殿」「面御堂」「御厩」があり、小姓、側近たちも個々の建物で戦った。しかし衆寡敵せず、信長は「殿中奥深く入り」「御腹をめされ」たという。

『明智光秀　織田政権の司令塔』（福島克彦：著／中公新書）
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明智軍は、次に妙覚寺に宿泊中の信忠（演：井上瑞稀）を襲おうとした。本能寺襲撃の報を知った信忠は、すぐに信長のもとへ駆け付けようとした。しかし、合流した村井貞勝父子は、すでに本能寺の「御殿」は焼け落ちたので、明智軍の来襲に備え「御構（おんかまえ）よ」い「二条新御所」に立て籠るべきと説得した。当時この「二条新御所」は誠仁親王の御座所となっていたが、戦場になることが不可避だったため、親王、若宮（のちの後陽成天皇）を禁中へ送り出していた。唐突に籠城準備する信忠に対して、退くよう進言した者もいたが、信忠はこの地で戦う覚悟を決めた。

明智軍は、この二条御所にも押し寄せ、本能寺以上に激しい戦いとなった。信忠方は一千余の兵を集め、奮戦したが、明智軍は隣接する「近衛殿御殿へあかり」弓・鉄砲を撃ちかけた。これには信忠も観念し、この場で切腹した。同行して戦った村井貞勝も後を追っている。一方で、信長の弟長益（のちの有楽斎）はこの場を逃れている。