史実としてはまだ家康に仕えていない
そもそも正信の父である本多俊正は、家康の家来・酒井忠尚(大森南朋さん演じる酒井忠次の一族)の、さらに家来。忠尚が家康に謀反すると、忠尚とともに家康と戦っています。
永禄7年(1564年)9月に俊正らは家康に臣従したようですが、同年には三河一向一揆が起きていて、父の俊正は家康方に、息子の正信は一揆に味方します。正信が一揆方に加担するのは、それ以前にも家康と戦っていたという事実を踏まえてのことですね。
大河ドラマでは、正信は一揆が起きる前から家康に仕えている描写になっていましたが、実際には、酒井忠尚勢の一人として、おそらく家康に敵対していたと思われます。